நாட் மெட் | ஒருங்கிணைந்த கட்டியை வரைபடமாக்குவதற்கான ஒரு மல்டி-ஓமிக்ஸ் அணுகுமுறை.

நாட் மெட் | பெருங்குடல் புற்றுநோயின் ஒருங்கிணைந்த கட்டி, நோயெதிர்ப்பு மற்றும் நுண்ணுயிர் நிலப்பரப்பை வரைபடமாக்குவதற்கான ஒரு மல்டி-ஓமிக்ஸ் அணுகுமுறை, நோயெதிர்ப்பு அமைப்புடன் நுண்ணுயிரியலின் தொடர்புகளை வெளிப்படுத்துகிறது.
முதன்மை பெருங்குடல் புற்றுநோய்க்கான உயிரியக்கவியல் குறிகாட்டிகள் சமீபத்திய ஆண்டுகளில் விரிவாக ஆய்வு செய்யப்பட்டிருந்தாலும், தற்போதைய மருத்துவ வழிகாட்டுதல்கள் சிகிச்சை பரிந்துரைகளைத் தீர்மானிக்க கட்டி-நிணநீர் முனை-மெட்டாஸ்டாசிஸ் நிலைப்படுத்தல் மற்றும் டிஎன்ஏ பொருத்தமின்மை பழுதுபார்ப்பு (MMR) குறைபாடுகள் அல்லது மைக்ரோசாட்டலைட் உறுதியற்ற தன்மை (MSI) (நிலையான நோயியல் சோதனைக்கு கூடுதலாக) ஆகியவற்றை மட்டுமே நம்பியுள்ளன. புற்றுநோய் ஜீனோம் அட்லஸ் (TCGA) பெருங்குடல் புற்றுநோய் குழுவில் மரபணு வெளிப்பாடு அடிப்படையிலான நோயெதிர்ப்பு மறுமொழிகள், நுண்ணுயிர் சுயவிவரங்கள் மற்றும் கட்டி ஸ்ட்ரோமா ஆகியவற்றுக்கு இடையேயான தொடர்பு இல்லாததை ஆராய்ச்சியாளர்கள் குறிப்பிட்டுள்ளனர்.

ஆராய்ச்சி முன்னேறியுள்ள நிலையில், புற்றுநோய் செல்லுலார், நோயெதிர்ப்பு, ஸ்ட்ரோமல் அல்லது புற்றுநோயின் நுண்ணுயிரி தன்மை உள்ளிட்ட முதன்மை பெருங்குடல் புற்றுநோயின் அளவு பண்புகள் மருத்துவ விளைவுகளுடன் கணிசமாக தொடர்புபடுத்தப்படுவதாகக் கூறப்படுகிறது, ஆனால் அவற்றின் தொடர்புகள் நோயாளியின் விளைவுகளை எவ்வாறு பாதிக்கின்றன என்பது பற்றிய புரிதல் இன்னும் குறைவாகவே உள்ளது.
பினோடைபிக் சிக்கலான தன்மைக்கும் விளைவுக்கும் இடையிலான உறவைப் பிரிக்க, கத்தாரில் உள்ள சித்ரா மருத்துவ ஆராய்ச்சி நிறுவனத்தின் ஆராய்ச்சியாளர்கள் குழு சமீபத்தில் ஒரு ஒருங்கிணைந்த மதிப்பெண்ணை (mICRoScore) உருவாக்கி சரிபார்த்தது, இது நுண்ணுயிரியல் பண்புகள் மற்றும் நோயெதிர்ப்பு நிராகரிப்பு மாறிலிகளை (ICR) இணைப்பதன் மூலம் நல்ல உயிர்வாழும் விகிதங்களைக் கொண்ட நோயாளிகளின் குழுவை அடையாளம் காட்டுகிறது. கட்டிகளின் RNA வரிசைமுறை மற்றும் பொருந்திய ஆரோக்கியமான பெருங்குடல் திசுக்கள், முழு எக்ஸோம் வரிசைமுறை, ஆழமான T-செல் ஏற்பி மற்றும் 16S பாக்டீரியா rRNA மரபணு வரிசைமுறை உள்ளிட்ட முதன்மை பெருங்குடல் புற்றுநோயால் பாதிக்கப்பட்ட 348 நோயாளிகளிடமிருந்து புதிய உறைந்த மாதிரிகளின் விரிவான மரபணு பகுப்பாய்வை இந்த குழு மேற்கொண்டது, இது நுண்ணுயிரியை மேலும் வகைப்படுத்த முழு கட்டி மரபணு வரிசைமுறையால் கூடுதலாக வழங்கப்பட்டது. இந்த ஆய்வு நேச்சர் மெடிசினில் "ஒரு ஒருங்கிணைந்த கட்டி, நோயெதிர்ப்பு மற்றும் பெருங்குடல் புற்றுநோயின் நுண்ணுயிரி அட்லஸ்" என்று வெளியிடப்பட்டது.

இயற்கை மருத்துவத்தில் வெளியிடப்பட்ட கட்டுரை

AC-ICAM கண்ணோட்டம்

புதிய உறைந்த கட்டி மாதிரிகளை பகுப்பாய்வு செய்வதற்கும், முறையான சிகிச்சை இல்லாமல் பெருங்குடல் புற்றுநோயின் ஹிஸ்டாலஜிக் நோயறிதலுடன் கூடிய நோயாளிகளிடமிருந்து அருகிலுள்ள ஆரோக்கியமான பெருங்குடல் திசுக்களை (கட்டி-சாதாரண ஜோடிகள்) பொருத்துவதற்கும் ஆராய்ச்சியாளர்கள் ஒரு செங்குத்து மரபணு தளத்தைப் பயன்படுத்தினர். முழு-எக்ஸோம் வரிசைமுறை (WES), RNA-seq தரவு தரக் கட்டுப்பாடு மற்றும் உள்ளடக்க அளவுகோல் திரையிடல் ஆகியவற்றின் அடிப்படையில், 348 நோயாளிகளிடமிருந்து மரபணு தரவு தக்கவைக்கப்பட்டு 4.6 ஆண்டுகள் சராசரி பின்தொடர்தலுடன் கீழ்நிலை பகுப்பாய்விற்குப் பயன்படுத்தப்பட்டது. ஆராய்ச்சி குழு இந்த வளத்தை சித்ரா-எல்யூஎம்சி ஏசி-ஐசிஏஎம்: நோயெதிர்ப்பு-புற்றுநோய்-நுண்ணுயிர் தொடர்புகளுக்கான வரைபடம் மற்றும் வழிகாட்டி (படம் 1) என்று பெயரிட்டது.

ICR ஐப் பயன்படுத்தி மூலக்கூறு வகைப்பாடு

தொடர்ச்சியான புற்றுநோய் நோயெதிர்ப்பு கண்காணிப்புக்கான நோயெதிர்ப்பு மாறிலி நிராகரிப்பு (ICR) எனப்படும் ஒரு மட்டுப்படுத்தப்பட்ட நோயெதிர்ப்பு மரபணு குறிப்பான்களைப் படம்பிடித்து, ஆராய்ச்சி குழு, மெலனோமா, சிறுநீர்ப்பை புற்றுநோய் மற்றும் மார்பக புற்றுநோய் உள்ளிட்ட பல்வேறு புற்றுநோய் வகைகளை உள்ளடக்கிய 20-மரபணு குழுவாக ICR ஐ ஒடுக்கி மேம்படுத்தியது. மார்பக புற்றுநோய் உட்பட பல்வேறு வகையான புற்றுநோய்களில் ICR நோயெதிர்ப்பு சிகிச்சை பதிலுடன் தொடர்புடையது.

முதலாவதாக, ஆராய்ச்சியாளர்கள் AC-ICAM குழுவின் ICR கையொப்பத்தை சரிபார்த்தனர், ICR மரபணு அடிப்படையிலான இணை-வகைப்படுத்தல் அணுகுமுறையைப் பயன்படுத்தி, குழுவை மூன்று கொத்துகள்/நோய் எதிர்ப்பு துணை வகைகளாக வகைப்படுத்தினர்: உயர் ICR (சூடான கட்டிகள்), நடுத்தர ICR மற்றும் குறைந்த ICR (குளிர் கட்டிகள்) (படம் 1b). பெருங்குடல் புற்றுநோயின் டிரான்ஸ்கிரிப்டோம் அடிப்படையிலான வகைப்பாடு, ஒருமித்த மூலக்கூறு துணை வகைகளுடன் (CMS) தொடர்புடைய நோயெதிர்ப்பு போக்கை ஆராய்ச்சியாளர்கள் வகைப்படுத்தினர். CMS வகைகளில் CMS1/நோய் எதிர்ப்பு சக்தி, CMS2/கேனானிகல், CMS3/மெட்டபாலிக் மற்றும் CMS4/மெசன்கைமல் ஆகியவை அடங்கும். அனைத்து CMS துணை வகைகளிலும் உள்ள சில புற்றுநோய் செல் பாதைகளுடன் ICR மதிப்பெண்கள் எதிர்மறையாக தொடர்புடையவை என்றும், நோயெதிர்ப்புத் தடுப்பு மற்றும் ஸ்ட்ரோமல் தொடர்பான பாதைகளுடன் நேர்மறையான தொடர்புகள் CMS4 கட்டிகளில் மட்டுமே காணப்பட்டதாகவும் பகுப்பாய்வு காட்டுகிறது.

அனைத்து CMS-களிலும், இயற்கை கொலையாளி (NK) செல் மற்றும் T செல் துணைக்குழுக்களின் மிகுதியானது ICR உயர் நோயெதிர்ப்பு துணை வகைகளில் அதிகமாக இருந்தது, மற்ற லுகோசைட் துணைக்குழுக்களில் அதிக மாறுபாடு இருந்தது (படம் 1c). ICR நோயெதிர்ப்பு துணை வகைகள் வெவ்வேறு OS மற்றும் PFS-களைக் கொண்டிருந்தன, ICR இல் குறைந்த அளவிலிருந்து அதிக அளவிற்கு படிப்படியாக அதிகரித்தது (படம் 1d), பெருங்குடல் புற்றுநோயில் ICR இன் முன்கணிப்பு பங்கை உறுதிப்படுத்தியது.

படம் 1. AC-ICAM ஆய்வு வடிவமைப்பு, நோயெதிர்ப்பு தொடர்பான மரபணு கையொப்பம், நோயெதிர்ப்பு மற்றும் மூலக்கூறு துணை வகைகள் மற்றும் உயிர்வாழ்வு.
கட்டியால் செறிவூட்டப்பட்ட, குளோனலி பெருக்கப்பட்ட டி செல்களை ஐ.சி.ஆர் பிடிக்கிறது.
கட்டி திசுக்களில் ஊடுருவும் ஒரு சிறுபான்மை T செல்கள் மட்டுமே கட்டி ஆன்டிஜென்களுக்கு (10% க்கும் குறைவாக) குறிப்பிட்டதாகக் கூறப்படுகிறது. எனவே, பெரும்பாலான இன்ட்ரா-டியூமர் T செல்கள் பைஸ்டாண்டர் T செல்கள் (பைஸ்டாண்டர் T செல்கள்) என்று குறிப்பிடப்படுகின்றன. உற்பத்தி TCR களைக் கொண்ட வழக்கமான T செல்களின் எண்ணிக்கையுடன் வலுவான தொடர்பு ஸ்ட்ரோமல் செல் மற்றும் லுகோசைட் துணை மக்கள்தொகைகளில் (RNA-seq ஆல் கண்டறியப்பட்டது) காணப்பட்டது, இது T செல் துணை மக்கள்தொகையை மதிப்பிடுவதற்குப் பயன்படுத்தப்படலாம் (படம் 2a). ICR கிளஸ்டர்களில் (ஒட்டுமொத்த மற்றும் CMS வகைப்பாடு), ICR-உயர் மற்றும் CMS துணை வகை CMS1/நோய் எதிர்ப்பு குழுக்களில் (படம் 2c) நோயெதிர்ப்பு SEQ TCR களின் மிக உயர்ந்த குளோனலிட்டி காணப்பட்டது, இதில் ICR-உயர் கட்டிகளின் அதிக விகிதம் உள்ளது. முழு டிரான்ஸ்கிரிப்டோமையும் (18,270 மரபணுக்கள்) பயன்படுத்தி, ஆறு ICR மரபணுக்கள் (IFNG, STAT1, IRF1, CCL5, GZMA, மற்றும் CXCL10) TCR நோயெதிர்ப்பு SEQ குளோனலிட்டியுடன் நேர்மறையாக தொடர்புடைய முதல் பத்து மரபணுக்களில் அடங்கும் (படம் 2d). கட்டி-பதிலளிக்கக்கூடிய CD8+ குறிப்பான்களைப் பயன்படுத்தி காணப்பட்ட தொடர்புகளை விட ImmunoSEQ TCR குளோனலிட்டி பெரும்பாலான ICR மரபணுக்களுடன் மிகவும் வலுவாக தொடர்புடையது (படம் 2f மற்றும் 2g). முடிவில், மேலே உள்ள பகுப்பாய்வு, ICR கையொப்பம் கட்டி-செறிவூட்டப்பட்ட, குளோனலி பெருக்கப்பட்ட T செல்களின் இருப்பைப் பிடிக்கிறது மற்றும் அதன் முன்கணிப்பு தாக்கங்களை விளக்கக்கூடும் என்று கூறுகிறது.

படம் 2. TCR அளவீடுகள் மற்றும் நோயெதிர்ப்பு தொடர்பான மரபணுக்கள், நோயெதிர்ப்பு மற்றும் மூலக்கூறு துணை வகைகளுடன் தொடர்பு.
ஆரோக்கியமான மற்றும் பெருங்குடல் புற்றுநோய் திசுக்களில் நுண்ணுயிரியல் கலவை
246 நோயாளிகளிடமிருந்து பொருந்திய கட்டி மற்றும் ஆரோக்கியமான பெருங்குடல் திசுக்களிலிருந்து பிரித்தெடுக்கப்பட்ட டி.என்.ஏவைப் பயன்படுத்தி ஆராய்ச்சியாளர்கள் 16S rRNA வரிசைமுறையைச் செய்தனர் (படம் 3a). சரிபார்ப்புக்காக, பகுப்பாய்விற்குக் கிடைக்கக்கூடிய சாதாரண டி.என்.ஏவுடன் பொருந்தாத கூடுதல் 42 கட்டி மாதிரிகளிலிருந்து 16S rRNA மரபணு வரிசைமுறைத் தரவை ஆராய்ச்சியாளர்கள் கூடுதலாக பகுப்பாய்வு செய்தனர். முதலில், பொருந்திய கட்டிகளுக்கும் ஆரோக்கியமான பெருங்குடல் திசுக்களுக்கும் இடையிலான தாவரங்களின் ஒப்பீட்டு மிகுதியை ஆராய்ச்சியாளர்கள் ஒப்பிட்டனர். ஆரோக்கியமான மாதிரிகளுடன் ஒப்பிடும்போது கட்டிகளில் க்ளோஸ்ட்ரிடியம் பெர்ஃபிரிங்கன்ஸ் கணிசமாக அதிகரித்தது (படம் 3a-3d). கட்டிக்கும் ஆரோக்கியமான மாதிரிகளுக்கும் இடையில் ஆல்பா பன்முகத்தன்மையில் (ஒற்றை மாதிரியில் இனங்களின் பன்முகத்தன்மை மற்றும் மிகுதி) குறிப்பிடத்தக்க வேறுபாடு இல்லை, மேலும் ICR-குறைந்த கட்டிகளுடன் ஒப்பிடும்போது ICR-உயர் கட்டிகளில் நுண்ணுயிர் பன்முகத்தன்மையில் மிதமான குறைப்பு காணப்பட்டது.
நுண்ணுயிர் சுயவிவரங்கள் மற்றும் மருத்துவ விளைவுகளுக்கு இடையே மருத்துவ ரீதியாக பொருத்தமான தொடர்புகளைக் கண்டறிய, உயிர்வாழ்வை முன்னறிவிக்கும் நுண்ணுயிரியல் அம்சங்களை அடையாளம் காண 16S rRNA மரபணு வரிசைமுறை தரவைப் பயன்படுத்த ஆராய்ச்சியாளர்கள் இலக்கு வைத்தனர். AC-ICAM246 இல், ஆராய்ச்சியாளர்கள் MBR வகைப்படுத்திகள் எனப்படும் பூஜ்ஜியமற்ற குணகங்களுடன் (வேறுபட்ட இறப்பு அபாயத்துடன் தொடர்புடையது) 41 அம்சங்களைத் தேர்ந்தெடுத்த OS Cox பின்னடைவு மாதிரியை இயக்கினர் (படம் 3f).
இந்தப் பயிற்சி குழுவில் (ICAM246), குறைந்த MBR மதிப்பெண் (MBR<0, குறைந்த MBR) இறப்புக்கான குறிப்பிடத்தக்க குறைந்த ஆபத்துடன் (85%) தொடர்புடையது. இரண்டு சுயாதீனமாக சரிபார்க்கப்பட்ட குழுக்களில் (ICAM42 மற்றும் TCGA-COAD) குறைந்த MBR (ஆபத்து) மற்றும் நீடித்த OS ஆகியவற்றுக்கு இடையேயான தொடர்பை ஆராய்ச்சியாளர்கள் உறுதிப்படுத்தினர். (படம் 3) கட்டி மற்றும் ஆரோக்கியமான பெருங்குடல் திசுக்களில் ஒத்திருந்த எண்டோகாஸ்ட்ரிக் கோக்கி மற்றும் MBR மதிப்பெண்களுக்கு இடையே ஒரு வலுவான தொடர்பை இந்த ஆய்வு காட்டியது.

படம் 3. கட்டி மற்றும் ஆரோக்கியமான திசுக்களில் உள்ள நுண்ணுயிர் மற்றும் ICR மற்றும் நோயாளி உயிர்வாழ்வுடனான உறவு.
முடிவுரை
இந்த ஆய்வில் பயன்படுத்தப்படும் மல்டி-ஓமிக்ஸ் அணுகுமுறை, பெருங்குடல் புற்றுநோயில் நோயெதிர்ப்பு மறுமொழியின் மூலக்கூறு கையொப்பத்தை முழுமையாகக் கண்டறிந்து பகுப்பாய்வு செய்ய உதவுகிறது மற்றும் நுண்ணுயிரிக்கும் நோயெதிர்ப்பு அமைப்புக்கும் இடையிலான தொடர்புகளை வெளிப்படுத்துகிறது. கட்டி மற்றும் ஆரோக்கியமான திசுக்களின் ஆழமான TCR வரிசைமுறை, ICR இன் முன்கணிப்பு விளைவு கட்டி-செறிவூட்டப்பட்ட மற்றும் சாத்தியமான கட்டி ஆன்டிஜென்-குறிப்பிட்ட T செல் குளோன்களைப் பிடிக்கக்கூடிய அதன் திறன் காரணமாக இருக்கலாம் என்பதை வெளிப்படுத்தியது.

AC-ICAM மாதிரிகளில் 16S rRNA மரபணு வரிசைமுறையைப் பயன்படுத்தி கட்டி நுண்ணுயிரியல் கலவையை பகுப்பாய்வு செய்வதன் மூலம், குழு வலுவான முன்கணிப்பு மதிப்பைக் கொண்ட ஒரு நுண்ணுயிரியல் கையொப்பத்தை (MBR ஆபத்து மதிப்பெண்) அடையாளம் கண்டது. இந்த கையொப்பம் கட்டி மாதிரிகளிலிருந்து பெறப்பட்டாலும், ஆரோக்கியமான பெருங்குடல் மற்றும் கட்டி MBR ஆபத்து மதிப்பெண்ணுக்கு இடையே ஒரு வலுவான தொடர்பு இருந்தது, இந்த கையொப்பம் நோயாளிகளின் குடல் நுண்ணுயிரியல் கலவையைப் பிடிக்கக்கூடும் என்று கூறுகிறது. ICR மற்றும் MBR மதிப்பெண்களை இணைப்பதன் மூலம், பெருங்குடல் புற்றுநோயால் பாதிக்கப்பட்ட நோயாளிகளின் உயிர்வாழ்வை முன்னறிவிக்கும் ஒரு மல்டி-ஓமிக் மாணவர் பயோமார்க்கரை அடையாளம் கண்டு சரிபார்க்க முடிந்தது. ஆய்வின் மல்டி-ஓமிக் தரவுத்தொகுப்பு பெருங்குடல் புற்றுநோய் உயிரியலை நன்கு புரிந்துகொள்ளவும் தனிப்பயனாக்கப்பட்ட சிகிச்சை அணுகுமுறைகளைக் கண்டறியவும் ஒரு ஆதாரத்தை வழங்குகிறது.

குறிப்பு:
ரோலண்ட்ஸ், ஜே., குப்பேன், பிஜேகே, அகமது, ஈஐ மற்றும் பலர். பெருங்குடல் புற்றுநோயின் ஒருங்கிணைந்த கட்டி, நோயெதிர்ப்பு மற்றும் நுண்ணுயிர் அட்லஸ். நாட் மெட் 29, 1273–1286 (2023).