நாட் மெட் | ஒருங்கிணைந்த கட்டியை மேப்பிங் செய்வதற்கான பல-ஓமிக்ஸ் அணுகுமுறை

நாட் மெட் | பெருங்குடல் புற்றுநோயின் ஒருங்கிணைந்த கட்டி, நோயெதிர்ப்பு மற்றும் நுண்ணுயிர் நிலப்பரப்பை வரைபடமாக்குவதற்கான பல-ஓமிக்ஸ் அணுகுமுறை நோயெதிர்ப்பு அமைப்புடன் நுண்ணுயிரியின் தொடர்புகளை வெளிப்படுத்துகிறது
முதன்மை பெருங்குடல் புற்றுநோய்க்கான பயோமார்க்ஸ் சமீபத்திய ஆண்டுகளில் விரிவாக ஆய்வு செய்யப்பட்டாலும், தற்போதைய மருத்துவ வழிகாட்டுதல்கள் கட்டி-நிணநீர் முனை-மெட்டாஸ்டாசிஸ் நிலை மற்றும் டிஎன்ஏ பொருந்தாத பழுது (எம்எம்ஆர்) குறைபாடுகள் அல்லது மைக்ரோசாட்லைட் உறுதியற்ற தன்மை (எம்எஸ்ஐ) (நிலையான நோயியல் சோதனைக்கு கூடுதலாக) ஆகியவற்றை மட்டுமே நம்பியுள்ளன. ) சிகிச்சை பரிந்துரைகளை தீர்மானிக்க. மரபணு வெளிப்பாடு அடிப்படையிலான நோயெதிர்ப்பு மறுமொழிகள், நுண்ணுயிர் சுயவிவரங்கள் மற்றும் புற்றுநோய் ஜீனோம் அட்லஸ் (TCGA) பெருங்குடல் புற்றுநோய் கூட்டு மற்றும் நோயாளியின் உயிர்வாழ்வில் உள்ள கட்டி ஸ்ட்ரோமா ஆகியவற்றுக்கு இடையேயான தொடர்பு இல்லாததை ஆராய்ச்சியாளர்கள் குறிப்பிட்டுள்ளனர்.

ஆராய்ச்சி முன்னேறும்போது, ​​புற்றுநோய் செல்லுலார், நோயெதிர்ப்பு, ஸ்ட்ரோமல் அல்லது புற்றுநோயின் நுண்ணுயிர் தன்மை உட்பட முதன்மை பெருங்குடல் புற்றுநோயின் அளவு பண்புகள் மருத்துவ விளைவுகளுடன் கணிசமாக தொடர்புபடுத்தப்பட்டுள்ளன, ஆனால் அவற்றின் தொடர்புகள் நோயாளியின் விளைவுகளை எவ்வாறு பாதிக்கின்றன என்பது பற்றிய வரையறுக்கப்பட்ட புரிதல் இன்னும் உள்ளது. .
பினோடைபிக் சிக்கலானது மற்றும் விளைவுகளுக்கு இடையிலான உறவைப் பிரிக்க, கத்தாரில் உள்ள சித்ரா இன்ஸ்டிடியூட் ஆப் மெடிக்கல் ரிசர்ச்சின் ஆராய்ச்சியாளர்கள் குழு, நுண்ணுயிர் பண்புகள் மற்றும் நோயெதிர்ப்பு நிராகரிப்பு ஆகியவற்றை இணைப்பதன் மூலம் நல்ல உயிர்வாழ்வு விகிதங்களைக் கொண்ட நோயாளிகளின் குழுவை அடையாளம் காணும் ஒருங்கிணைந்த மதிப்பெண்ணை (mICRoScore) சமீபத்தில் உருவாக்கி சரிபார்த்தது. மாறிலிகள் (ICR). முதன்மை பெருங்குடல் புற்றுநோயால் பாதிக்கப்பட்ட 348 நோயாளிகளிடமிருந்து புதிய உறைந்த மாதிரிகளின் விரிவான மரபணு பகுப்பாய்வு, கட்டிகளின் ஆர்என்ஏ வரிசைமுறை மற்றும் பொருந்திய ஆரோக்கியமான பெருங்குடல் திசு, முழு எக்ஸோம் சீக்வென்சிங், ஆழமான டி-செல் ஏற்பி மற்றும் 16S பாக்டீரியா ஆர்ஆர்என்ஏ மரபணு வரிசைமுறை ஆகியவை அடங்கும். நுண்ணுயிரியை மேலும் வகைப்படுத்த மரபணு வரிசைமுறை. "ஒரு ஒருங்கிணைந்த கட்டி, நோய் எதிர்ப்பு மற்றும் பெருங்குடல் புற்றுநோயின் நுண்ணுயிர் அட்லஸ்" என நேச்சர் மெடிசினில் இந்த ஆய்வு வெளியிடப்பட்டது.

இயற்கை மருத்துவத்தில் வெளியான கட்டுரை

AC-ICAM மேலோட்டம்

முறையான சிகிச்சை இல்லாமல் பெருங்குடல் புற்றுநோயை ஹிஸ்டோலாஜிக் நோயறிதலுடன் கூடிய நோயாளிகளிடமிருந்து புதிய உறைந்த கட்டி மாதிரிகள் மற்றும் பொருந்திய ஆரோக்கியமான பெருங்குடல் திசுக்களை (கட்டி-சாதாரண ஜோடிகள்) பகுப்பாய்வு செய்ய ஆராய்ச்சியாளர்கள் ஆர்த்தோகனல் ஜெனோமிக் தளத்தைப் பயன்படுத்தினர். முழு-எக்ஸோம் சீக்வென்சிங் (WES), RNA-seq தரவுத் தரக் கட்டுப்பாடு மற்றும் உள்ளடக்கிய அளவுகோல் ஸ்கிரீனிங் ஆகியவற்றின் அடிப்படையில், 348 நோயாளிகளிடமிருந்து மரபணு தரவு தக்கவைக்கப்பட்டு, 4.6 வருடங்களின் சராசரி பின்தொடர்தலுடன் கீழ்நிலை பகுப்பாய்விற்குப் பயன்படுத்தப்பட்டது. ஆராய்ச்சி குழு இந்த வளத்திற்கு சித்ரா-எல்யூஎம்சி ஏசி-ஐசிஏஎம் என்று பெயரிட்டது: நோயெதிர்ப்பு-புற்றுநோய்-நுண்ணுயிர் தொடர்புகளுக்கான வரைபடம் மற்றும் வழிகாட்டி (படம் 1).

ICR ஐப் பயன்படுத்தி மூலக்கூறு வகைப்பாடு

தொடர்ச்சியான புற்றுநோய் நோயெதிர்ப்புக் கண்காணிப்புக்கான நோயெதிர்ப்பு மரபணு குறிப்பான்களின் மட்டுத் தொகுப்பைக் கைப்பற்றி, இம்யூன் கான்ஸ்டான்ஸ் ஆஃப் ரிஜெக்ஷன் (ICR) எனப்படும், ஆராய்ச்சிக் குழு, மெலனோமா, சிறுநீர்ப்பை புற்றுநோய் மற்றும் உட்பட பல்வேறு புற்றுநோய் வகைகளை உள்ளடக்கிய 20-ஜீன் பேனலாக ICR ஐ மேம்படுத்துகிறது. மார்பக புற்றுநோய். ICR ஆனது மார்பக புற்றுநோய் உட்பட பல்வேறு வகையான புற்றுநோய்களில் நோயெதிர்ப்பு சிகிச்சை பதிலுடன் தொடர்புடையது.

முதலாவதாக, ஆராய்ச்சியாளர்கள் ஏசி-ஐசிஏஎம் கோஹார்ட்டின் ஐசிஆர் கையொப்பத்தை சரிபார்த்து, ஐசிஆர் மரபணு அடிப்படையிலான இணை-வகைப்படுத்தல் அணுகுமுறையைப் பயன்படுத்தி கூட்டுக்குழுவை மூன்று கிளஸ்டர்கள்/நோய் எதிர்ப்பு துணை வகைகளாக வகைப்படுத்தினர்: உயர் ஐசிஆர் (சூடான கட்டிகள்), நடுத்தர ஐசிஆர் மற்றும் குறைந்த ஐசிஆர் (குளிர்). கட்டிகள்) (படம் 1b). பெருங்குடல் புற்றுநோயின் டிரான்ஸ்கிரிப்டோம் அடிப்படையிலான வகைப்படுத்தலான ஒருமித்த மூலக்கூறு துணை வகைகளுடன் (CMS) தொடர்புடைய நோயெதிர்ப்பு முனைப்பை ஆராய்ச்சியாளர்கள் வகைப்படுத்தினர். CMS வகைகளில் CMS1/immune, CMS2/canonical, CMS3/metabolic மற்றும் CMS4/mesenchymal ஆகியவை அடங்கும். அனைத்து CMS துணை வகைகளிலும் ICR மதிப்பெண்கள் சில புற்றுநோய் உயிரணுப் பாதைகளுடன் எதிர்மறையாக தொடர்புள்ளதை பகுப்பாய்வு காட்டுகிறது, மேலும் CMS4 கட்டிகளில் மட்டுமே நோயெதிர்ப்புத் தடுப்பு மற்றும் ஸ்ட்ரோமல் தொடர்பான பாதைகளுடன் நேர்மறை தொடர்புகள் காணப்பட்டன.

அனைத்து CMS இல், இயற்கை கொலையாளி (NK) செல் மற்றும் T செல் துணைக்குழுக்கள் ICR உயர் நோயெதிர்ப்பு துணை வகைகளில் அதிகமாக இருந்தது, மற்ற லுகோசைட் துணைக்குழுக்களில் அதிக மாறுபாடு உள்ளது (படம் 1c).ICR நோயெதிர்ப்பு துணை வகைகளில் வெவ்வேறு OS மற்றும் PFS இருந்தது, முற்போக்கான அதிகரிப்புடன். ICR இல் குறைந்த முதல் உயர் வரை (படம் 1d), பெருங்குடல் புற்றுநோயில் ICR இன் முன்கணிப்பு பங்கை சரிபார்க்கிறது.

படம் 1. AC-ICAM ஆய்வு வடிவமைப்பு, நோயெதிர்ப்பு தொடர்பான மரபணு கையொப்பம், நோயெதிர்ப்பு மற்றும் மூலக்கூறு துணை வகைகள் மற்றும் உயிர்வாழ்வு.
ஐ.சி.ஆர் கட்டி-செறிவூட்டப்பட்ட, குளோனலாக பெருக்கப்பட்ட T செல்களைப் பிடிக்கிறது
கட்டி திசுக்களில் ஊடுருவிச் செல்லும் T செல்களில் ஒரு சிறுபான்மை மட்டுமே கட்டி ஆன்டிஜென்களுக்கு (10% க்கும் குறைவானது) குறிப்பிட்டதாக அறிவிக்கப்பட்டுள்ளது. எனவே, பெரும்பாலான உள்-கட்டி டி செல்கள் பார்வையாளர் டி செல்கள் (பைஸ்டாண்டர் டி செல்கள்) என குறிப்பிடப்படுகின்றன. டி செல் துணை மக்கள்தொகையை மதிப்பிடுவதற்குப் பயன்படுத்தப்படும் ஸ்ட்ரோமல் செல் மற்றும் லுகோசைட் துணை மக்கள்தொகையில் (ஆர்என்ஏ-செக் மூலம் கண்டறியப்பட்டது), உற்பத்தி செய்யும் டிசிஆர்களுடன் வழக்கமான டி செல்களின் எண்ணிக்கையுடன் வலுவான தொடர்பு காணப்பட்டது (படம் 2 அ). ICR கிளஸ்டர்களில் (ஒட்டுமொத்தம் மற்றும் CMS வகைப்பாடு), ICR-உயர்ந்த மற்றும் CMS துணை வகை CMS1/இம்யூன் குழுக்களில் (படம் 2c), ICR-உயர்ந்த கட்டிகளின் அதிக விகிதத்தில், நோயெதிர்ப்பு SEQ TCRகளின் மிக உயர்ந்த குளோனலிட்டி காணப்பட்டது. முழு டிரான்ஸ்கிரிப்டோமைப் பயன்படுத்தி (18,270 மரபணுக்கள்), ஆறு ICR மரபணுக்கள் (IFNG, STAT1, IRF1, CCL5, GZMA மற்றும் CXCL10) TCR நோய் எதிர்ப்பு SEQ குளோனலிட்டியுடன் சாதகமாக தொடர்புடைய முதல் பத்து மரபணுக்களில் அடங்கும் (படம் 2d). இம்யூனோசெக் டிசிஆர் குளோனலிட்டி, கட்டி-பதிலளிக்கக்கூடிய சிடி8+ குறிப்பான்களைப் பயன்படுத்திக் காணப்பட்ட தொடர்புகளைக் காட்டிலும் பெரும்பாலான ஐசிஆர் மரபணுக்களுடன் மிகவும் வலுவாக தொடர்புடையது (படம் 2எஃப் மற்றும் 2ஜி). முடிவில், ஐசிஆர் கையொப்பம் கட்டி-செறிவூட்டப்பட்ட, குளோனலாக பெருக்கப்பட்ட T செல்கள் இருப்பதைப் படம்பிடிக்கிறது மற்றும் அதன் முன்கணிப்பு தாக்கங்களை விளக்கக்கூடும் என்று மேலே உள்ள பகுப்பாய்வு தெரிவிக்கிறது.

படம் 2. டிசிஆர் அளவீடுகள் மற்றும் நோயெதிர்ப்பு தொடர்பான மரபணுக்கள், நோயெதிர்ப்பு மற்றும் மூலக்கூறு துணை வகைகளுடன் தொடர்பு.
ஆரோக்கியமான மற்றும் பெருங்குடல் புற்றுநோய் திசுக்களில் நுண்ணுயிர் கலவை
246 நோயாளிகளிடமிருந்து பொருந்திய கட்டி மற்றும் ஆரோக்கியமான பெருங்குடல் திசுக்களில் இருந்து பிரித்தெடுக்கப்பட்ட டிஎன்ஏவைப் பயன்படுத்தி ஆராய்ச்சியாளர்கள் 16S rRNA வரிசைமுறையை நிகழ்த்தினர் (படம் 3a). சரிபார்ப்புக்காக, ஆய்வாளர்கள் கூடுதலாக 16S ஆர்ஆர்என்ஏ மரபணு வரிசைமுறை தரவை கூடுதல் 42 கட்டி மாதிரிகளிலிருந்து பகுப்பாய்வு செய்தனர், அவை பகுப்பாய்விற்கு கிடைக்கக்கூடிய சாதாரண டிஎன்ஏவுடன் பொருந்தவில்லை. முதலில், ஆராய்ச்சியாளர்கள் பொருந்திய கட்டிகள் மற்றும் ஆரோக்கியமான பெருங்குடல் திசுக்களுக்கு இடையில் ஏராளமான தாவரங்களை ஒப்பிட்டுப் பார்த்தனர். ஆரோக்கியமான மாதிரிகளுடன் ஒப்பிடும்போது கட்டிகளில் க்ளோஸ்ட்ரிடியம் பெர்ஃபிரிங்ஜென்ஸ் கணிசமாக அதிகரித்தது (படம் 3a-3d). கட்டி மற்றும் ஆரோக்கியமான மாதிரிகளுக்கு இடையே ஆல்பா பன்முகத்தன்மையில் (ஒரே மாதிரியில் பன்முகத்தன்மை மற்றும் ஏராளமான இனங்கள்) குறிப்பிடத்தக்க வேறுபாடு இல்லை, மேலும் ஐசிஆர்-குறைந்த கட்டிகளுடன் ஒப்பிடும்போது ஐசிஆர்-உயர் கட்டிகளில் நுண்ணுயிர் பன்முகத்தன்மையில் மிதமான குறைப்பு காணப்பட்டது.
நுண்ணுயிர் சுயவிவரங்கள் மற்றும் மருத்துவ விளைவுகளுக்கு இடையே மருத்துவ ரீதியாக தொடர்புடைய தொடர்புகளைக் கண்டறிய, ஆராய்ச்சியாளர்கள் உயிர்வாழ்வதைக் கணிக்கும் நுண்ணுயிர் அம்சங்களை அடையாளம் காண 16S rRNA மரபணு வரிசைமுறை தரவைப் பயன்படுத்துவதை நோக்கமாகக் கொண்டிருந்தனர். AC-ICAM246 இல், MBR வகைப்படுத்திகள் (படம் 3f) எனப்படும் பூஜ்ஜியமற்ற குணகங்களுடன் (வேறுபட்ட இறப்பு அபாயத்துடன் தொடர்புடையது) 41 அம்சங்களைத் தேர்ந்தெடுத்த OS காக்ஸ் பின்னடைவு மாதிரியை ஆராய்ச்சியாளர்கள் இயக்கினர்.
இந்த பயிற்சிக் குழுவில் (ICAM246), குறைந்த MBR மதிப்பெண் (MBR<0, குறைந்த MBR) இறப்பு அபாயத்துடன் (85%) தொடர்புடையது. குறைந்த MBR (ஆபத்து) மற்றும் நீடித்த OS ஆகியவற்றுக்கு இடையேயான தொடர்பை இரண்டு சுயாதீனமாக சரிபார்க்கப்பட்ட கூட்டாளிகளில் (ICAM42 மற்றும் TCGA-COAD) ஆராய்ச்சியாளர்கள் உறுதிப்படுத்தினர். (படம் 3) இந்த ஆய்வு எண்டோகாஸ்ட்ரிக் கோக்கி மற்றும் MBR மதிப்பெண்களுக்கு இடையே ஒரு வலுவான தொடர்பைக் காட்டியது, இது கட்டி மற்றும் ஆரோக்கியமான பெருங்குடல் திசுக்களில் ஒத்திருந்தது.

படம் 3. கட்டி மற்றும் ஆரோக்கியமான திசுக்களில் உள்ள நுண்ணுயிர் மற்றும் ICR மற்றும் நோயாளி உயிர்வாழ்வுடனான உறவு.
முடிவுரை
இந்த ஆய்வில் பயன்படுத்தப்படும் மல்டி-ஓமிக்ஸ் அணுகுமுறை, பெருங்குடல் புற்றுநோயில் நோயெதிர்ப்பு மறுமொழியின் மூலக்கூறு கையொப்பத்தை முழுமையாகக் கண்டறிந்து பகுப்பாய்வு செய்ய உதவுகிறது மற்றும் நுண்ணுயிர் மற்றும் நோயெதிர்ப்பு அமைப்புக்கு இடையிலான தொடர்புகளை வெளிப்படுத்துகிறது. கட்டி மற்றும் ஆரோக்கியமான திசுக்களின் ஆழமான TCR வரிசைமுறை, ICR இன் முன்கணிப்பு விளைவு கட்டி-செறிவூட்டப்பட்ட மற்றும் சாத்தியமான கட்டி ஆன்டிஜென்-குறிப்பிட்ட T செல் குளோன்களைப் பிடிக்கும் திறன் காரணமாக இருக்கலாம் என்பதை வெளிப்படுத்தியது.

AC-ICAM மாதிரிகளில் 16S rRNA மரபணு வரிசைமுறையைப் பயன்படுத்தி கட்டி நுண்ணுயிர் கலவையை பகுப்பாய்வு செய்வதன் மூலம், குழு வலுவான முன்கணிப்பு மதிப்புடன் ஒரு நுண்ணுயிர் கையொப்பத்தை (MBR ஆபத்து மதிப்பெண்) அடையாளம் கண்டுள்ளது. இந்த கையொப்பம் கட்டி மாதிரிகளிலிருந்து பெறப்பட்டாலும், ஆரோக்கியமான பெருங்குடல் மற்றும் கட்டி MBR ஆபத்து மதிப்பெண்ணுக்கு இடையே ஒரு வலுவான தொடர்பு இருந்தது, இந்த கையொப்பம் நோயாளிகளின் குடல் நுண்ணுயிர் கலவையைப் பிடிக்கலாம் என்று பரிந்துரைக்கிறது. ICR மற்றும் MBR மதிப்பெண்களை இணைப்பதன் மூலம், பெருங்குடல் புற்றுநோயால் பாதிக்கப்பட்ட நோயாளிகளின் உயிர்வாழ்வைக் கணிக்கும் மல்டி-ஓமிக் மாணவர் பயோமார்க்கரைக் கண்டறிந்து சரிபார்க்க முடிந்தது. ஆய்வின் மல்டி-ஓமிக் தரவுத்தொகுப்பு பெருங்குடல் புற்றுநோய் உயிரியலை நன்கு புரிந்துகொள்ளவும் தனிப்பயனாக்கப்பட்ட சிகிச்சை அணுகுமுறைகளைக் கண்டறியவும் ஒரு ஆதாரத்தை வழங்குகிறது.

குறிப்பு:
ரோலண்ட்ஸ், ஜே., குப்பேன், பிஜேகே, அகமது, ஈஐ மற்றும் பலர். பெருங்குடல் புற்றுநோயின் ஒருங்கிணைந்த கட்டி, நோயெதிர்ப்பு மற்றும் நுண்ணுயிர் அட்லஸ். நாட் மெட் 29, 1273–1286 (2023).